Misioni i Seksionit për Mbrojtjen dhe Promovimin e të Drejtave të Fëmijëve është të sigurojë respektimin e të drejtave të fëmijëve dhe më konkretisht:
- Mbrojtjen dhe promovimin e të drejtave të fëmijëve nën moshën 18 vjeç që jetojnë në Republikën e Shqipërisë;
- Garantimin e respektimit të të drejtave si dhe nxitjen e praktikave më të mira në fushën e të drejtave të fëmijëve;
- Ndryshimin e praktikave të gabuara administrative që cënojnë të drejtat dhe interesat e ligjshme të fëmijve;
- Përmirësimin e kapaciteteve të sektorëve të administratës publike, veprimtaria e të cilëve ndikon në zbatimin e të drejtave të fëmijëve;
- Krijimin e rregullave dhe praktikave të reja për mbrojtjen e fëmijëve, nëpërmjet përmirësimit të legjislacionit;
- Rritjen e ndërgjegjësimit publik në lidhje me veprimtarinë e Seksionit si dhe rëndësinë e respektimit të të drejtave të fëmijëve;
- Inkurajimin dhe mbështetjen e pjesëmarjes aktive të medias në promovimin dhe njohjen e publikut me të drejtat e fëmijëve.