Seksioni për Mbrojtjen dhe Promovimin e të Drejtave të Fëmijëve i realizon objektivat e tij duke ushtruar detyrat në mbrojtjen, monitorimin dhe promovimin e të drejtave të fëmijëve.

Mbrojtja e të drejtave të fëmijëve:
-Trajton/shqyrton ankesat individuale lidhur me mosrespektimin apo dhunimin e të drejtave të fëmijëve dhe interesave të tyre të ligjshme nga veprimet ose mosveprimet e paligjshme e të paregullta të organeve të administratës publike;
-Ndërrmer hetime të pavarura me inisiativë të tij për raste të bëra publike apo të denoncuara që lidhen me mosrespektim, neglizhencë apo shkelje të të drejtave të fëmijëve;
-Paraqet rekomandime për vënien në vend të së drejtës së shkelur tek organi administrativ që ka shkaktuar shkelje të të drejteve të fëmijëve;
-Njofton organin epror të organit që ka shkaktuar shkeljen dhe rekomandon marrjen e masave për rivënien në vend të së drejtës së shkelur;
-I rekomandon organit të prokurorisë fillimin e hetimeve nëse konstaton se është konsumuar figura e një vepre penale;
-Nëse konstaton shkelje të rënda, i propozon çdo organi, si edhe Kuvendit, shkarkimin e funksionarëve që janë në kompetencë të tyre;
-Për shkelje të të drejtave nga organet e pushtetit gjyqësor, pa ndërhyrë në procedurën që ata zbatojnë, i bën të ditur shkeljet organit kompetent;
-U rekomandon personave të dëmtuar të paraqesin padi në gjykatë.

Monitorimi i të drejtave të fëmijëve:
-Monitoron respektimin e të drejtave të fëmijëve si në nivel kombëtar ashtu edhe në nivel lokal në përputhje me ligjet dhe standartet ndërkombëtare të pranuara;
-Monitoron zbatimin e dispozitave të Konventës për të drejtat e fëmijëve në të gjitha aspektet jetësore të fëmijëve: edukim, arsimim, familje, shërbim social, kujdes shëndetësor etj;
-Bën inspektime për verifikimin e respektimit të të drejtave të fëmijëve si më sipër;
-Përgatit raporte periodike sipas ligjit për gjendjen e respektimit të të drejtave të fëmijëve në vend dhe veprimtarinë e institucioneve përgjegjëse në këtë fushë;
-Identifikon boshllëqet në kornizat ligjore dhe politike në mënyrë që të ndihmojë orientimin e reformave të nevojshme legjislative dhe të politikave si dhe implementimin e politikave për të drejtat e fëmijëve;
-Propozon për ndryshimin e praktikave të gabuara administrative në fushën e të drejtave të fëmijëve;

Promovimi i të drejtave të fëmijëve:
-Bën propozime për reformimin e legjislacionit dhe akteve nënligjore me qëllim shmangien e premisave për shkeljen e të drejtave të fëmijëve si pasojë e mangësive ligjore;
-Nëse e gjykon të nevojshme, i rekomandon Gjykatës Kushtetuese shfuqizimin e akteve të tilla;
-Mundëson njohjen e opinionit të gjerë publik me të drejtat e fëmijëve nëpërmjet shpërndarjes së informacionit të vazhdueshëm;
-Pregatit materiale, përmbledhje dhe botime për të drejtat e fëmijëve në mënyrë që të promovojë të drejtat e tyre dhe të nxisë rëndësinë e respektimit dhe zbatimit të këtyre të drejtave nga organet shtetërore dhe publiku i gjerë;
-Organizon veprimtari sensibilizuese për të rritur ndërgjegjësimin publik për mbrojtjen dhe respektimin e të drejtave të fëmijëve;
-Bashkëpunon me aktorë të ndryshëm që të sigurojë realizimin e plotë të të drejtave të fëmijëve duke fuqizuar sistemet dhe mekanizmat shtetërore si dhe për të ndikuar në proceset vendim marrëse dhe politikbërëse për të bërë drejtat e fëmijëve realitet.